當電子病歷透過FHIR格式進行標準化之後，接著將整合國內政府機關醫療資訊上傳、申報及評鑑等相關規定，將可規則化的各項數據內容進行結構化和標準化處理，制定Rule Library(規則圖書館)機制建立健保給付規則共通資料庫及品質量測報告，達到全國規則一致化，降低醫院與司署機關間資料上傳之負擔，促進資訊整合及品質指標計算自動化之目的。
CQL（臨床品質語言）是醫療與健康領域使用的標準化語言，屬於 HL7 的標準之一，其功能是針對不同類型的臨床演算法（Ex.品質量測），標準化人類可讀及機器可讀的臨床邏輯表達。藉由將原始醫療保健資料與有意義的規則聯繫起來，為醫療保健專業人員提供支援。在 FHIR 的實施過程作為臨床品質測量(eCQM)和決策支援規則(CDS)之應用；並有助於確保不同醫療保健 IT 系統之間的一致性和互通性。

美國醫療保險和醫療補助服務中心（CMS）是臨床質量語言（CQL）的早期採用者之一，並繼續引領將此標準與快速醫療互操作性資源（FHIR）整合努力。CQL 和 FHIR 共同構成了數位品質量測 （dQM） 的基礎。利用這些標準來提高資料品質、簡化資料聚合，並支援使用標準化工具執行品質量測標準。資料可以一致的捕獲為 FHIR 資源，而不是要求醫院在每個評鑑年度實施特定的品質措施。CQL 引擎可以無縫執行所有品質量測，而無需進行額外的自定義。最重要的是，這種方法允許持續監控，使醫療保健提供者能夠了解照護差距並即時衡量改進情況。

品質測量和報告，建立基於價值的醫療照護：通過將 CQL 與 FHIR 結合使用，醫療保健組織/機構可以自動追蹤和量測品質報告，這些量測對於基於價值的醫療照護模型至關重要。CQL 可用於監測患者是否符合某些臨床標準，例如適當的篩查、免疫接種等。品質評估（或績效評估）是對指定負責的醫療保健實體（例如醫院、健康計劃、療養院、臨床醫生等）的醫療保健品質的數位量化。品質領域的利益相關者包含數據建立者、數據消費者、品質指定者。藉由實現自動資料收集和提交，從而減少手動處理和介入的需要。最終，基於 FHIR 的資料結構和交換的國家標準將減輕臨床醫生在系統間轉換資料的負擔。

臨床決策支援 （CDS） 邏輯：CQL 用於創建臨床決策支援規則，通過提供即時警報或建議來幫助指導醫療保健提供者做出決策。例如，CQL 可用於根據存儲在 FHIR 資源中的臨床資料定義藥物相互作用、過敏檢查或患者接受某些治療的資料規則。該語言允許將複雜的臨床邏輯集成到電子健康記錄 （EHR） 系統中，確保提供者在醫療照護期間獲得最新且可引用的決策。